Esta magnífica biblioteca possui 40.000 volumes os quais estão dispostos numa sala com uma planta de cruzeiro. Estes livros foram encadernados com esmero e extrema dedicação pelos monges que viveram neste convento desde o século XVIII, catalogando-os de uma forma tão rigorosa que ainda hoje, a bibliotecária do Palácio de Mafra utiliza um grande livro onde constam os registos de entradas de volumes na biblioteca. Com efeito, a biblioteca deixou de adquirir novos volumes na década de 1830. Este é, sem dúvida, um dos locais mais emblemáticos de todo o complexo que constitui o Palácio de Mafra. Se efectuar uma visita a esta biblioteca tomará conhecimento de que para além dos monges existiam outros guardiães deste local: os morcegos. A presença destes animais permitiu a conservação perfeita dos livros de Mafra ao longo destes séculos. E a explicação é a seguinte: Os monges criaram uma colónia de morcegos para que zelassem pela conservação destes livros. Os morcegos voavam livremente pela biblioteca à noite alimentando-se dos insectos que estivessem no interior da sala. Apesar de não serem visíveis durante o dia, ainda é possível observar à noite alguns exemplares destes guardas-nocturnos especiais.Os morcegos não sujam os livros, porque saem para o exterior através de pequenas aberturas junto às janelas. Este é sem dúvida um exemplo invulgar de simbiose entre o Homem e o animal. Para além deste método, os bibliotecários de Mafra implementaram sistemas duma eficácia notável para a época. No conjunto de janelas existentes apenas algumas permitem o acesso ao exterior. No lado oposto da sala, o que parecem ser janelas são na realidade espelhos, destinados a concentrar o calor dos raios solares ajudando assim a reduzir os níveis de humidade. Para além disso, as estantes que alojam os livros possuem espaços vazios na parte de trás de forma a permitir a circulação do ar, impedindo-se assim a concentração de humidade e o consequente ataque de fungos. Actualmente e através de modernos processos de medição dos valores de humidade é possível constatar que foi implementado neste local um sistema que mantém as condições ideais de conservação de documentos e/ou livros.